Seitdem die Zollverwaltung wegen der offenen Grenzen weniger zu tun hat, konzentriert sich ihr Einsatz auf die Bekämpfung illegaler Beschäftigung. 2 062 Arbeitskräfte in 37 Hauptzollämtern an 101 Standorten kooperieren hierbei mit den Arbeitsämtern.

Die Tätigkeit konzentriert sich auf nicht abgeführte Sozialbeiträge, auf Betrug beim Bezug von Sozialleistungen, auf die illegale Beschäftigung von Ausländern, auf illegale Leiharbeit, auf Verstöße gegen das Arbeitnehmerentsendegesetz (Mindestlöhne im Bau und Ausbau), und auf die Schwarzarbeit im engeren Sinne. 2002 wurden dazu 77 380 Arbeitnehmer und 26 026 Arbeitgeber überprüft. In 8 739 Fällen wurden Strafverfahren und in 1 734 Fällen Bußgeldverfahren abgeschlossen. Der Gesamtschaden 2002 lag bei 191,2 Millionen Euro.